Bocian biały Ciconia ciconia jest gatunkiem chronionym na mocy Ustawy o Ochronie Przyrody, Konwencji: Bońskiej, Berneńskiej, Ramsarskiej, a także wymienianym w tzw. Dyrektywie Ptasiej Unii Europejskiej jako gatunek zagrożony. Polska jest krajem, w którym gniazduje największa światowa populacja (w roku 2004, kiedy odbywało się VI Światowe Liczenie bociana gniazdowało w naszym kraju około 52 000 par bociana białego).

Ptak ten jest narażony na wiele zagrożeń powodowanych przez człowieka i jego działalność. Należą do nich m.in.: obniżenie poziomu wód gruntowych, melioracje odwadniające, przekształcenia użytków zielonych w pola uprawne, "zadrutowanie krajobrazu", zmiany pokryć dachowych i związane z tym przenoszenie się bocianów na czynne słupy energetyczne, stosowanie w rolnictwie plastikowych sznurków używanych do wiązania siana i słomy. Bezpośrednim zagrożeniem są także urządzenia energetyczne (tzw. rozłączniki i stacje transformatorowe na których dochodzi do śmiertelnych porażeń prądem). Na takich urządzeniach tylko na terenie województwa mazowieckiego zginęło w roku 2009 około 500 bocianów. Bocian jest gatunkiem bezpośrednio reagującym na zmieniającą się dostępność zasobów pokarmowych, będącą najczęściej efektem zmian środowiskowych. Osuszanie terenów podmokłych, zmiana struktury użytkowania ziemi (wprowadzanie monokultur) mają bezpośredni wpływ na efekty lęgów. Kondycja bocianiej populacji oddaje bardzo dobrze stan środowiska i w związku z tym bocian może być doskonałym gatunkiem wskaźnikowym. Na wielu powierzchniach próbnych w kraju prowadzone są systematyczne badania bocianiej populacji (niektóre badania prowadzone są nieprzerwanie od wielu lat). Znacznie podnosi to jakość uzyskanych wyników oraz pozwala opracowywać programy ochrony gatunku.

Bocian jest również tak zwanym gatunkiem osłonowym. Oznacza to, że chroniąc jego tereny żerowiskowe i miejsca gniazdowania chroni się wiele rzadkich gatunków roślin i zwierząt. Odbywa się to bez ponoszenia dodatkowych nakładów. Ochrona terenów podmokłych, oczek wodnych, wilgotnych łąk, starorzeczy itp., które są głównymi żerowiskami bociana pozwala zachować najcenniejsze siedliska z całym zespołem roślin i zwierząt np. ptaki siewkowe czy rzadkie storczyki. 

W niektórych krajach europejskich bardzo wcześnie dostrzeżono zagrożenia dla bocianiej populacji i w związku z tym rozpoczęto programy ochrony tego gatunku. W Szwajcarii np. gdzie bocian wyginął już w roku 1950 prowadzi się program reintrodukcji oparty na hodowli i wypuszczaniu młodych na wolność. Podobne działania prowadzono w Alzacji i Lotaryngii, Niemczech, Holandii, Szwecji.